Krajowy System e-Faktur (KSeF) został zaprojektowany do obsługi wyłącznie faktur ustrukturyzowanych (plików XML zgodnych ze wzorem FA(3) lub FA_RR(1)). Z tego powodu, a także ze względu na konkretne wyłączenia ustawowe, szereg dokumentów i transakcji jest całkowicie wyłączony z możliwości (a w przypadku obowiązku, z konieczności) wystawiania w KSeF.
Wyróżnia się dwie główne kategorie dokumentów i transakcji wyłączonych z systemu:
1. Dokumenty, które nie mają statusu faktury ustrukturyzowanej
KSeF nie jest platformą do obsługi wszystkich dokumentów księgowych czy handlowych. Do KSeF nie przesyła się następujących dokumentów:
- Faktury pro forma (nie są fakturą w rozumieniu ustawy o VAT).
- Rachunki (w rozumieniu Ordynacji podatkowej).
- Noty obciążeniowe i noty uznaniowe.
- Faktury wewnętrzne i dowody wewnętrzne.
- Noty korygujące (przepisy o notach korygujących zostaną uchylone z dniem 1 lutego 2026 r., co oznacza, że po tej dacie nie będą wystawiane ani w KSeF, ani poza nim).
- Załączniki w formie nieustrukturyzowanej (np. pliki PDF, JPG, PNG czy Word). Faktura z załącznikiem musi być w całości w ustrukturyzowanym pliku XML (element Zalacznik w FA(3)), a inne pliki nie są przyjmowane przez system. Dokumenty takie jak listy przewozowe czy protokoły odbioru nadal muszą być wysyłane poza KSeF.
- Potwierdzenia transakcji. Potwierdzenie transakcji nie jest fakturą w rozumieniu ustawy o VAT ani fakturą uproszczoną.
2. Transakcje i faktury bezwzględnie wyłączone z KSeF (brak możliwości wystawienia nawet dobrowolnie)
Druga grupa to faktury, które dokumentują transakcje objęte wyłączeniami wynikającymi z przepisów wykonawczych i nie jest możliwe ich dobrowolne wystawianie w KSeF. Obejmuje to przypadki, w których stosowanie KSeF nie jest możliwe ze względów technicznych lub koliduje z innymi procedurami.
Wyłączenia bezwzględne to:
- Faktury wystawiane przez podatników korzystających z procedur szczególnych, takich jak:
- Procedura OSS nieunijna dla podmiotów z krajów trzecich (spoza UE).
- Procedura importu IOSS dla podmiotów z krajów trzecich (spoza UE).
- Procedura świadczenia usług międzynarodowego okazjonalnego przewozu drogowego osób.
Przyczyną tych wyłączeń jest fakt, że podatnicy w tych procedurach posługują się innymi numerami identyfikacyjnymi niż standardowy NIP.
- Faktury dokumentujące dostawę towarów lub świadczenie usług objęte przepisami wykonawczymi (zgodnie z projektem rozporządzenia w sprawie wyłączeń z KSeF), w tym:
- Świadczenie usług przejazdu autostradą płatną, udokumentowanych fakturami w formie biletu jednorazowego.
- Świadczenie usług przewozu osób na dowolną odległość (np. kolejami, taborem samochodowym, samolotami), udokumentowanych fakturami w formie biletu jednorazowego.
- Świadczenie usług zwolnionych (na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 7, 37–41 ustawy o VAT), udokumentowanych fakturami lub innymi dowodami, świadczone przez podmioty uprawnione do świadczenia tych usług (rynek finansowy i ubezpieczeniowy).
- Faktury w ramach procedury samofakturowania, jeśli:
- Nabywca nie jest zidentyfikowany na potrzeby danej czynności za pomocą polskiego NIP (z wyjątkiem WDT, gdzie dobrowolne wystawienie w KSeF jest możliwe, jeśli nabywca posługuje się numerem VAT UE innego kraju unijnego).
- Sprzedawca nie jest zidentyfikowany na potrzeby danej czynności za pomocą polskiego NIP. To wyłączenie ma zastosowanie np. w przypadku transakcji, gdzie sprzedawca (podmiot zagraniczny) nie ma polskiego NIP, co jest ograniczeniem technicznym systemu, gdyż NIP sprzedawcy jest obowiązkowym elementem struktury FA(3).
- Faktury wystawione w trybie Awarii Całkowitej KSeF (ogłoszonej w środkach społecznego przekazu). W tym trybie faktury wystawia się w postaci papierowej lub jako fakturę elektroniczną, bez obowiązku stosowania wzoru ustrukturyzowanego i bez obowiązku późniejszego dosłania do KSeF.
3. Wyłączenia tymczasowe i fakultatywne
Dodatkowo istnieją tymczasowe wyłączenia, które dotyczą obowiązku stosowania KSeF, ale nie możliwości jego użycia (o ile sprzedawca zdecyduje się wystawić te faktury dobrowolnie):
- Faktury wystawiane na rzecz konsumentów (osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej). Wystawianie ich w KSeF jest dobrowolne.
- Faktury z kas rejestrujących oraz paragony fiskalne uznane za faktury uproszczone (do końca 2026 r.).
- Faktury elektroniczne lub papierowe, jeśli łączna wartość sprzedaży (z VAT) udokumentowana tymi fakturami w danym miesiącu nie przekracza 10 000 zł (do końca 2026 r.).
KSeF koncentruje się zatem na ustrukturyzowanym dokumencie VAT, odrzucając zarówno dokumenty o innym charakterze (np. noty), jak i faktury, dla których centralna obsługa nie jest możliwa lub nie jest przewidziana (np. procedury międzynarodowe OSS/IOSS lub faktury wystawione podczas całkowitej awarii systemu).
