Celem KSeF jest stworzenie jednego, oficjalnego i w pełni cyfrowego systemu fakturowania, który poprawi bezpieczeństwo obrotu oraz uszczelni VAT.
KSeF daje administracji skarbowej dostęp do danych z faktur w czasie rzeczywistym, dzięki czemu możliwe jest błyskawiczne wykrywanie „nieprawidłowości”, a w szczególności „pustych faktur”, identyfikacja karuzel VAT, kontrola udziału w oszukańczych łańcuchach dostaw, eliminacja tzw. „znikających podatników”.
Dodatkowo KSeF ma zwiększyć bezpieczeństwo obrotu gospodarczego. Faktura wystawiona w KSeF jest nieedytowalna i ma jednoznacznie ustaloną datę wystawienia oraz odbioru. Powyższe działania eliminują spory dotyczące daty ujęcia faktury, rzekomego nieotrzymania dokumentu, fałszywych lub podmienionych faktur. W praktyce System KSeF poprawia pewność i przejrzystość rozliczeń między kontrahentami.
W przyszłości KSeF ma zmniejszyć liczbę obowiązków ewidencyjnych, m.in. dzięki odejścia od plików JPK (np. JPK_FA), ograniczeniu kontroli formalnych, automatyzacji sprawdzania dokumentów przez urzędy, a nie przez podatników. Docelowo, wiele czynności będzie wykrywanych automatycznie po stronie systemu.
KSeF wprowadza jedną, wspólną strukturę faktury, która eliminuje różnice między programami księgowymi oraz umożliwia łatwiejszą integrację systemów. KSeF pełni funkcję centralnego, bezpiecznego archiwum, przechowując faktury przez 10 lat i spełniając tym samym wymogi ustawy o VAT. JPK_FA, gdyż dane są już w systemie.
